Przedstawione poniżej czynniki nie są wyłącznymi możliwymi do ujawnienia się w placówce, dlatego w ramach diagnozy powinno się zwrócić szczególną uwagę na mocne strony instytucji w tej dziedzinie.

Ważnym czynnikiem chroniącym, warunkującym dobrą organizację procesów edukacyjnych, związanym z etapem diagnozowania i przygotowania programu wychowawczo-profilaktycznego, jest poznanie psychospołecznych i edukacyjnych potrzeb uczniów i wychowanków. Umożliwia to stworzenie sylwetki ucznia/wychowanka (persony), jego zdolności, odkrycia motywatorów, problemów, trudności, zagrożeń, z jakimi się styka, oraz emocji, jakie przejawia w szkole. Więcej o diagnozowaniu w module 5.

Kolejnym organizacyjnym czynnikiem chroniącym jest dobra współpraca nauczycielska poprzez realizację wspólnych zadań metodą projektów, konsultacje wychowawcze i metodyczne, wzajemne wspomaganie, jakim może być koleżeńska superwizja.

Wśród znaczących czynników chroniących organizację procesu kształcenia wymienia się powszechnie:

• Ograniczenie liczby prac domowych. Zadania nie mogą być uzupełnianiem niezrealizowanych treści na lekcji. Nie mogą wypełniać większości czasu po nauce szkolnej. Zgodnie z zasadami neurodydaktyki i psychodydaktyki kreatywności zaleca się, aby prace nie miały charakteru powtórkowego i odtwórczego.
• Zmiana edukacyjnego sensu prac domowych. Badania potwierdzają, że zadania odkrywczo-badawcze, bazujące na ciekawości poznawczej, polegające na poszukiwaniu nowych treści, nowych materiałów wyzwalają pozytywną motywację do nauki i lepiej służą osiąganiu celów dydaktycznych. Budują także poczucie własnej kompetencji i wartości.
• Dydaktyczno-organizacyjna zmiana koncepcji lekcji. Jedną z najbardziej efektywnych metod pozwalających na realizację powyższych założeń jest „odwrócona klasa” (ang. flipped learning), metoda polegająca na tym, że uczniowie zapoznają się w domu z nowym materiałem, a w klasie, z pomocą nauczyciela, ćwiczą i utrwalają wiedzę, rozwiązują problemy.
• Dostosowanie systemów oceniania do promowania kreatywności i innowacyjności. Przeorientowanie oceny osiągnięć osób uczących się z nastawienia na powierzchowne sprawdzanie stopnia przyswojenia danych treści kształcenia na rzecz głębszej oceny zdolności rozwiązywania problemów, także w zespole, oraz stopnia przygotowania do uczenia się przez całe życie. Poszerzenie stosowania oceniania kształtującego (polegającego na śledzeniu procesu uczenia się osób, dostosowywaniu do nich przebiegu nauczania i dawaniu im informacji zwrotnej pomagającej się uczyć) w połączeniu z ograniczeniem dominacji oceniania podsumowującego (zob. Kształtowanie właściwych postaw u uczniów: kreatywności, innowacyjności i pracy zespołowej, CEO).
• Tworzenie pozytywnego klimatu szkoły. Działania organizacyjne budujące pozytywny klimat szkoły to przede wszystkim zapewnienie autonomii uczniów i ich uczestnictwa w podejmowaniu decyzji, udział rodziców w życiu szkoły, wprowadzanie procedur mediacji w rozwiązywaniu problemów i konfliktów, realizowanie nauki umiejętności psychospołecznych (także na lekcjach przedmiotowych, prowadzenie form doskonalenia kompetencji komunikacyjnych dla nauczycieli i rodziców (oprac. własne na podst. Ostaszewski, 2006; Woynarowska-Sołdan, 2004).
• Realizacja strategii sprzyjającej zintegrowanej edukacji szkolnej – systemowej i organizacyjnej integracji nauki, pozytywnego rozwoju i pozytywnej profilaktyki